4月23日，卫生部、安徽省、阜阳市专家确认手足口病(EV71病毒感染)。其实，早在4月6日，刘晓琳就已初步判断出是肠道病毒引起手足口病。“4月3日和6日，阜阳市第二人民医院先后有2名患儿死亡，这2名患儿表现出了疱疹症状。我们两家医院的医生进行了会诊，当时，我的意见就是手足口病。”刘晓琳说。
省卫生厅新闻办副主任冯立中说：“这次疫情的较早发现，要感谢刘晓琳。没有她的敏感和汇报，病毒还不知道要害死多少儿童。”
4月26日，卫生部部长陈竺对刘晓琳的工作给予了高度赞扬：“一个好的临床医生，面对的应该不仅仅是个体病人的症状，还要想到症状后面的病因，要对临床情况的特殊性产生警觉，意识到其中的不同寻常之处，并且有报告意识。刘主任对这次疫情的控制是有贡献的!”
卫生部专家组到阜阳后，每次病例的讨论都邀请刘晓琳参加。刘晓琳有时因抢救患儿去不了，专家组也要把讨论的结论转给刘晓琳，并认真听取刘晓琳的意见。有关文字材料，专家组在起草后，一般及时给刘晓琳一份，征求刘晓琳的看法。专家组提出的治疗“EV71”的一些方法，不少来自刘晓琳的临床实践。
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